De huidige onderzoeksinspanningen van het Havenbedrijf Rotterdam worden veelal uitgevoerd met externe partners of in specifieke programma’s. 

• Academic Centre TransPORT (ACTP)
  In het ACTP versterken het HbR, de TU Delft, de gemeente Rotterdam, de gemeente Delft, de Erasmus Universiteit Rotterdam en Deltalinqs samen de kennisbasis en het innovatieve vermogen van het bedrijfsleven in de Rotterdamse haven. Daartoe doorgronden zij de kennisvragen in het HIC en slaan zij een brug naar kennisinstellingen (WO, HBO, topinsitituten, consultants). Zij bundelen en ontwikkelen aanwezige kennis over mainports, havenindustrie, logistiek en transport, en maken deze beter toepasbaar, door het grensverleggend onderzoek en vernieuwend onderwijs te stimuleren. Tevens bevorderen zij kennisuitwisseling tussen kennisinstellingen en bedrijven in het haven-en-industriecomplex. Het ACtransPORT besteedt onder andere aandacht aan thema’s als wereldwijde transportketens, achterlandverbindingen, containerstromen en veiligheid, duurzaamheid in de haven en vervlechting stedelijke en haveneconomie.
  
  
• Port Research Centre (PCR, TU Delft)
  In het PRC initieren en coördineren het HbR en de TU Delft samen onderzoeksprojecten en voeren deze uit. De ontwikkelde kennis is primair bedoeld voor toepassing in  dan wel vernieuwing van de bedrijfsvoering van het Havenbedrijf Rotterdam, ter versterking van de internationale concurrentiepositie. Daarnaast vindt toepassing plaats van kennis in het bedrijfsleven in het Rotterdamse haven- en industriegebied.
  
  
• TRANSUMO
  Een transitie naar duurzame mobiliteit vraagt om een nieuwe, gezamenlijke aanpak van overheid, bedrijfsleven, onderzoeksinstellingen en universiteiten. Zij moeten niet alleen innovatieve oplossingen bedenken, maar deze ook daadwerkelijk in de praktijk toepassen. In de Stichting TRANSUMO (TRansition SUstainable MObility) werken nu al meer dan 150 publieke en private partijen samen aan kennisontwikkeling die nodig is voor innovaties; dat aantal partijen zal alleen maar toenemen. Het werkterrein van TRANSUMO is personenvervoer, goederenvervoer en logistiek, verkeersmanagement en infrastructuur. Naast het uitvoeren van vernieuwende kennisprojecten is 'leren hoe je moet innoveren in mobiliteit' voor TRANSUMO een belangrijke opgave. TRANSUMO richt zich dus niet alleen op 'wat de innovatie is', maar vooral ook op 'hoe die kan worden gerealiseerd’ en 'wie die kan realiseren'. De ultieme doelstelling van TRANSUMO is om op termijn te komen tot een internationaal trendsettend kennisnetwerk op mobiliteitsgebied.
  
  
• Connekt
  Hoe biedt Nederland de komende jaren de mobiliteitsproblemen het hoofd? Om een antwoord te formuleren op die vraag is in 1999 Connekt innovatienetwerk voor verkeer en vervoer in het leven geroepen. In één zin is het doel van Connekt: bijdragen aan kennis die leidt tot implementatie van innovatieve en duurzame oplossingen voor onze verkeers- en vervoersproblemen. Oprichters waren enkele ministeries, grote bedrijven en brancheorganisaties, die op deze manier de kennisontwikkeling en -bundeling op dit terrein een krachtige impuls wilden geven.
  
  Dit kan uiteraard op veel verschillende manieren. Vandaar dat Connekt drie soorten functies heeft:
• • Het publiekprivate mobiliteitsnetwerk; 
  • Uitvoerder en/of partner van het zelfstandige programma ITS, het kennisconsortium voor een duurzaam verkeer- en vervoerssysteem; 
  • Het Connekt-bureau: faciliteert het innovatienetwerk, initieert nieuwe clusters en programma’s en voert ITS uit. 
     
• Europa (Kaderprogramma, Interreg, Marco Polo, ..)
  Het deelnemen aan Europese subsidieprogramma’s heeft momenteel vooral een financiële aanleiding: subsidie reduceert de projectkosten. De deelname aan programma’s kan echter ook andere positieve effecten voor het Havenbedrijf hebben. Hierbij valt te denken aan:
• • Helpen inbedden van Europa in de organisatie, creëren van bewustwording;
  • Creëren van politieke (Europese) aandacht en draagvlak voor Havenbedrijf-projecten;
  • Vergroten van het relatie- en kennisnetwerk;
  • Vergaren van kennis door samenwerking.
    
• Kennisalliantie
  Het Havenbedrijf participeert in de kenniskolom Scheepvaart, Transport & Logistiek van de Kennisalliantie Zuid-Holland. Deze kenniskolom richt zich op drie regio’s in Zuid-Holland:
• • De Rotterdamse haven met alle havengebonden bedrijven;
  • De Drechtsteden met hun maritieme bedrijven (scheepsbouw, binnenvaart);
  • Het Westland met zijn agrologistieke functie.
    
• Pieken in de Delta: Zuidvleugel Zuid-Holland
  De kabinetsnotitie 'Pieken in de Delta' vormt een koerswijziging in het regionaal economisch beleid. Door specifieke knelpunten van nationaal belang weg te nemen, wil het kabinet alle regio's economische kansen bieden, aldus de nota 'Pieken in de Delta'. De nota bevat een gebiedsgerichte economische agenda, waarbij het kabinet voor de zes economische regio's in Nederland de kansen en mogelijkheden omschrijft. De agenda moet bijdragen aan de inzet van het kabinet om de Nederlandse economie dynamischer en concurrerender te maken. 
  Een van de zes economische regio’s is de Zuidvleugel Randstad. Deze Zuidvleugel moet de huidige sterktes (onder andere de haven van Rotterdam) behouden en tegelijkertijd de productiestructuur versterken.
  
  
• Economic Development Board Rotterdam (EDBR)
  De EDBR is een platform met ruim dertig opinieleiders uit bedrijfsleven, onderwijs, wetenschap en cultuur, aangevuld met de directeuren van OBR en het Havenbedrijf Rotterdam. Deze Rotterdamse prominenten adviseren het College van B&W over de economische succesvolle sectoren, waarin de komende jaren moet worden geïnvesteerd. Tegelijk maken zij zich sterk voor een snelle uitvoering van kansrijke (economische) projecten. Door het inzetten van hun expertise en netwerken verschaffen zij toegang tot extra kennis, informatie en geld, waardoor op korte termijn resultaten kunnen worden geboekt. Via verschillende taskforces willen de EDBR-leden zoveel mogelijk belanghebbenden bij dit proces betrekken. Met recht dus ‘de buitenboordmotor van de Rotterdamse economie’.